Screen Resolution:     
Welcome to HRGRN
A Graph Search-Empowered Integrative Database of Arabidopsis Signaling Transduction, Metabolism and Gene Regulation Networks   
Location:  Home > Details for node UBC28
Type: Protein GRN ID: np18113 Name: UBC28
Annotation: UBC28 | ubiquitin-conjugating enzyme 28 [TCDB:2.A.66.1] [TCDB:2.A.72.1] [TCDB:2.A.72.2] [TCDB:2.A.72.3] [TCDB:2.A.7.4] [TCDB:2.A.89.2] [TCDB:2.A.89.3] [EC:6.3.2.19]
Gene Locus: AT1G64230
Gene Expression (Affy ATH1 probeset): 262341_at    
Graph Customization
   
Choose color for highlight:  
Display edge: validated and predicted
Display node/edge prompt:
Layout:
 as format     
Data Filter
 Protein modification
 Protein-protein interaction
        also include predicted relationship
 Compound-protein interaction
 TF-target gene regulation
 Small RNA-target regulation
        also include predicted relationship
 Carrier and transported molecule
 Catalytic chemical reaction
 Co-expressed gene pair
        with mutual information value >

  Ignore nodes having > relationships
 
Relationship type:  protein modification     catalytic chemical reaction     protein-protein interaction    
compound-protein interaction     TF-target gene regulation     small RNA-target regulation    
co-expressed gene pair     carrier and transported molecule     family/complex and member
Relationship evidence:  Solid line: validated          Dashed line: predicted
Relationship direction: Arrow: positive          T shape: negative          None arrow: unknown or n/a
Hormone association: Thicker line: hormone related relationship         : hormone related Node
Node type:  Transcription factor or transcriptional regulator       Compound       Kinase
 Small regulatory RNA (miRNA & ta-siRNA)       Other nodes
No. Path
2 UBC28  --  interacts with  --  AT4G10080
3 UBC28  --  interacts with  --  MUB6
4 UBC28  --  interacts with  --  MUB5
5 UBC28  --  interacts with  --  MUB4
6 UBC28  --  interacts with  --  ATGP4
7 UBC28  --  interacts with  --  MUB2
8 UBC28  --  has similar expression pattern (mutual information value=0.944578) with  --  ATDI19; DI19
9 UBC28  --  transport  --  Biopterin
10 UBC28  --  transport  --  Methotrexate
11 UBC28  --  transport  --  Folate
12 UBC28  --  interacts with  --  AT4G10080  --  interacts with  --  AT2G01175
13 UBC28  --  interacts with  --  AT4G10080  --  interacts with  --  ARAC9; ATROP8; ROP8
14 UBC28  --  interacts with  --  AT4G10080  --  interacts with  --  AT2G28990
15 UBC28  --  interacts with  --  AT4G10080  --  interacts with  --  AT3G54360
16 UBC28  --  interacts with  --  AT4G10080  --  interacts with  --  AT4G19110
17 UBC28  --  interacts with  --  AT4G10080  --  interacts with  --  AT5G15500
18 UBC28  --  interacts with  --  AT4G10080  --  interacts with  --  AGP16; ATAGP16
19 UBC28  --  interacts with  --  AT4G10080  --  interacts with  --  AT4G05370
20 UBC28  --  interacts with  --  AT4G10080  --  interacts with  --  EFR
21 UBC28  --  interacts with  --  AT4G10080  --  interacts with  --  PIN5
22 UBC28  --  interacts with  --  AT4G10080  --  interacts with  --  PGRL1B
23 UBC28  --  interacts with  --  AT4G10080  --  interacts with  --  ATKCO1; ATTPK1; KCO1; KCO1; TPK1
24 UBC28  --  interacts with  --  AT4G10080  --  interacts with  --  ERL2
25 UBC28  --  interacts with  --  AT4G10080  --  interacts with  --  ABCI15; TGD2
26 UBC28  --  interacts with  --  AT4G10080  --  interacts with  --  TED6
27 UBC28  --  interacts with  --  MUB5  --  has similar expression pattern (mutual information value=0.814959) with  --  AT1G09310
28 UBC28  --  interacts with  --  MUB5  --  has similar expression pattern (mutual information value=0.851385) with  --  AT3G16370
29 UBC28  --  interacts with  --  MUB5  --  has similar expression pattern (mutual information value=0.81369) with  --  ATPME44; PME44
30 UBC28  --  interacts with  --  MUB5  --  has similar expression pattern (mutual information value=0.831343) with  --  AT5G63180
31 UBC28  --  interacts with  --  ATGP4  --  interacts with  --  AT3G29270
32 UBC28  --  has similar expression pattern (mutual information value=0.944578) with  --  ATDI19; DI19  --  interacts with  --  ATCDPK2/CPK11
33 UBC28  --  has similar expression pattern (mutual information value=0.944578) with  --  ATDI19; DI19  --  interacts with  --  ATSYP23; SYP23
34 UBC28  --  has similar expression pattern (mutual information value=0.944578) with  --  ATDI19; DI19  --  interacts with  --  CPK4
35 UBC28  --  has similar expression pattern (mutual information value=0.944578) with  --  ATDI19; DI19  --  interacts with  --  ADO3; FKF1
36 UBC28  --  has similar expression pattern (mutual information value=0.944578) with  --  ATDI19; DI19  --  interacts with  --  ADO2; LKP2
37 UBC28  --  has similar expression pattern (mutual information value=0.944578) with  --  ATDI19; DI19  --  interacts with  --  ADO1; FKL2; LKP1; ZTL
38 UBC28  --  transport  --  Biopterin  --  is transported by  --  AT1G79990
39 UBC28  --  transport  --  Biopterin  --  is transported by  --  ATERDJ2A
40 UBC28  --  transport  --  Biopterin  --  is transported by  --  GASA1
41 UBC28  --  transport  --  Biopterin  --  is transported by  --  AVA-P4
42 UBC28  --  transport  --  Biopterin  --  is transported by  --  AT1G71940
43 UBC28  --  transport  --  Biopterin  --  is transported by  --  AT1G70740
44 UBC28  --  transport  --  Biopterin  --  is transported by  --  AT1G65090
45 UBC28  --  transport  --  Biopterin  --  is transported by  --  DAA1
46 UBC28  --  transport  --  Biopterin  --  is transported by  --  DAL1
47 UBC28  --  transport  --  Biopterin  --  is transported by  --  AT1G61390
48 UBC28  --  transport  --  Biopterin  --  is transported by  --  AT1G48980
49 UBC28  --  transport  --  Biopterin  --  is transported by  --  PEX3; PEX3-2
50 UBC28  --  transport  --  Biopterin  --  is transported by  --  AT1G29820
51 UBC28  --  transport  --  Biopterin  --  is transported by  --  AT1G28630
52 UBC28  --  transport  --  Biopterin  --  is transported by  --  AT1G25500
53 UBC28  --  transport  --  Biopterin  --  is transported by  --  AT1G19650
54 UBC28  --  transport  --  Biopterin  --  is transported by  --  AT1G15120
55 UBC28  --  transport  --  Biopterin  --  is transported by  --  AT1G14480
56 UBC28  --  transport  --  Biopterin  --  is transported by  --  AT1G11330
57 UBC28  --  transport  --  Biopterin  --  is transported by  --  AT1G11180
58 UBC28  --  transport  --  Biopterin  --  is transported by  --  AT1G07650
59 UBC28  --  transport  --  Methotrexate  --  is transported by  --  AT4G01440
60 UBC28  --  transport  --  Methotrexate  --  is transported by  --  AT1G61360
61 UBC28  --  transport  --  Methotrexate  --  is transported by  --  NTL
62 UBC28  --  transport  --  Folate  --  is transported by  --  NAD5; NAD5.3; NAD5C
63 UBC28  --  transport  --  Folate  --  is transported by  --  NDHH
64 UBC28  --  transport  --  Folate  --  is transported by  --  ATNRAMP4; NRAMP4
65 UBC28  --  transport  --  Folate  --  is transported by  --  AT5G64970
66 UBC28  --  transport  --  Folate  --  is transported by  --  ABCF5; ATGCN5; GCN5
67 UBC28  --  transport  --  Folate  --  is transported by  --  AT5G64700
68 UBC28  --  transport  --  Folate  --  is transported by  --  AT5G62890
69 UBC28  --  transport  --  Folate  --  is transported by  --  ABCA9; ATATH11; ATH11
70 UBC28  --  transport  --  Folate  --  is transported by  --  ABCG28
71 UBC28  --  transport  --  Folate  --  is transported by  --  AT5G60710
72 UBC28  --  transport  --  Folate  --  is transported by  --  AT5G59740
73 UBC28  --  transport  --  Folate  --  is transported by  --  ATUCP2; UCP2
74 UBC28  --  transport  --  Folate  --  is transported by  --  AHA3; ATAHA3; HA3
75 UBC28  --  transport  --  Folate  --  is transported by  --  ACA8; AT-ACA8
   Funding by the National Science Foundation    Funding by the Oklahoma Center for the Advancement of Science & Technology    Additional funding by the Samuel Roberts Noble Foundation

Copyright © The Zhao Lab

Disclaimer | Contact