LegumeIP V3: From Models to Crops - An Integrative Gene Discovery Platform for Translational Genomics in Legumes

  • [A. hypogaea (gene)]
  • Detail of Experiment mapped on Arachis hypogaea Tifrunner AhV1

Details

NameRNA seq of 22 tissues and developmental stages for construction of a gene atla
DescriptionRNA seq of 22 tissues and developmental stages for construction of a gene atlas
ContactUniversity of Georgia
XrefPRJNA291488
Reference
Conditions22
SpeciesArachis hypogaea
Metadata export .CSV   .JSON

Analysis

Mapped Genomes AhV1    
Expression Analysis Expression Profile /  Differential Expression /  Co-expression

Conditions

Name Genotype Mutation Stage Tissue Treatment Level Time Samples Xref Download alignments
10d_postEmergenceLeaf Tifrunner 10 d post emergence leaf
  • 10d_postEmergenceLeaf_1
  • 10d_postEmergenceLeaf_2
 .bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
AerPeg Tifrunner elongating aerial peg gynophore tip
  • AerPeg_1
  • AerPeg_2
  • AerPeg_3
 .bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
ExpPod Tifrunner Pattee stage 1 gynophore tip
  • ExpPod_1
 .bam    .bai    .csi   
Flwr Tifrunner petals,keel, hypanthium sepals flowers
  • Flwr_1
  • Flwr_2
  • Flwr_3
 .bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
GynStlk Tifrunner Pattee stage 1 gynophore stalk
  • GynStlk_1
 .bam    .bai    .csi   
LatLeaf Tifrunner lateral stem - boote R1 leaf
  • LatLeaf_1
  • LatLeaf_2
  • LatLeaf_3
 .bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
MainLeaf Tifrunner mainstem - boote R1 leaf
  • MainLeaf_1
  • MainLeaf_2
  • MainLeaf_3
 .bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
Nod Tifrunner 25 d post emergence nodules
  • Nod_1
  • Nod_2
  • Nod_3
 .bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
PerPt5 Tifrunner Pattee stage 5 pericarp
  • PerPt5_1
  • PerPt5_2
  • PerPt5_3
 .bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
PerPt6 Tifrunner Patte stage 6 pericarp
  • PerPt6_1
  • PerPt6_2
  • PerPt6_3
 .bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
Pistil Tifrunner anthesis pistils
  • Pistil_1
  • Pistil_2
  • Pistil_3
 .bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
PodPt3 Tifrunner Pattee stage 3/4 pod
  • PodPt3_1
  • PodPt3_2
 .bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
RepSht Tifrunner boote R1 reproductive shoot
  • RepSht_1
  • RepSht_2
  • RepSht_3
 .bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
Root Tifrunner 10 d post emergence roots
  • Root_1
  • Root_2
  • Root_3
 .bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
SdPt10 Tifrunner patte stage 10 seed
  • SdPt10_1
  • SdPt10_2
 .bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
SdPt5 Tifrunner Pattee stage 5 seed
  • SdPt5_1
 .bam    .bai    .csi   
SdPt6 Tifrunner Patte stage 6 seed
  • SdPt6_1
  • SdPt6_2
 .bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
SdPt7 Tifrunner Patte stage 7 seed
  • SdPt7_1
  • SdPt7_2
 .bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
SdPt8 Tifrunner Patte stage 8 seed
  • SdPt8_1
  • SdPt8_2
 .bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
Stamen Tifrunner anthesis stamens
  • Stamen_1
  • Stamen_2
 .bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
SubPeg Tifrunner elongating subterranean peg gynophore tip
  • SubPeg_1
  • SubPeg_2
  • SubPeg_3
 .bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
VegSht Tifrunner boote R1 vegetative shoot
  • VegSht_1
  • VegSht_2
  • VegSht_3
 .bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi   
.bam    .bai    .csi